教學目標
本系設立之宗旨乃在培育國家森林經營管理、森林生物與保育以及林產物與生物材料永續利用研究發展所需之專業人才，以提昇學術研究水準及推廣應用技術，結合產、官、學之力量，並為林業之永續經營與管理奠定良基。本系設有大學部、碩士班及博士班，依實際教學需求不同，分組招生，大學部分為林學組及木材科學組2組，碩士班分為森林經營組、森林生物組及木材科學組3組，博士班則區分為林學組及木材科學組2組。
林學組(大學部)
林學組以森林生態系為教學、研究為對象，主要探討森林生物學及森林經營學兩大領域。 林學組同學於大學部就學期間必須同時兼修森林生物學及森林經營學兩大領域課程，「森林經營」領域之教學目的在於訓練未來之林業經營工作者，特別重視「永續經營」的理念，期使學生在學期間熟稔育林實務工作所需之理論基礎及技術、器材。「森林生物學」領域方面，目的在於培養森林生物學研究人才，使學生在學期間接觸植物分類學、土壤學、生理學、生態學、遺傳學、演化學及育林學等相關知識領域，本組學生除於課堂接受專業課程外，部分課程安排實驗室實驗或室外實習，並於寒暑假須赴本校實驗林場實習。
木材科學組(大學部)
木材科學組之前身為以林產物生產加工實務為教學目標之林產組，2002年奉教育部核定，將林產組更名為「木材科學組」，而為因應臺灣整體產業環境之變遷，與配合科技發展與實際需求，本組並將於未來將研究教學主題，擴及所有可再生之生物材料與生質能源。目前本組之師資陣容及專長領域包括，木材組織與木材性質、木材物理及結構力學、木材化學及天然藥物開發應用、木材保存、製漿造紙及特種紙研發、膠合劑與生物質材料合成樹脂開發、木材塗料及生物質材料於塗料開發利用、生物複合材料與機能性生物材料開發、生質能源開發與利用。本組教學強調理論與應用並重，課程概分為語文歷史、通識教育、基礎科學與木材科學等部分，以培養深具人文素養與國際觀之木材科學通才為主要目的。
碩士班
碩士班在課程設計上，則強調必修課程之彈性，並重視基礎課程，以適應新領域之發展，除培養學生獨立自主與樂觀積極與的學習態度之外，並以培訓學生具備廣泛與紮實的森林經營(森林生物或木材科學)之理論與實務專業能力。
博士班
碩士班在課程設計上，則強調必修課程之彈性，並重視基礎課程，以適應新領域之發展，除培養學生獨立自主與樂觀積極與的學習態度之外，並以培訓學生具備廣泛與紮實的森林經營(森林生物或木材科學)之理論與實務專業能力。